跨領域學術合作
本校學術研究始於熱帶醫學、中草藥與蛇毒的研究，59年來我們一直肩負著提供南臺灣醫療服務與公共衛生防治的重責大任。身為南部的醫學重鎮，本校擁有紮實且經驗豐富的研究團隊，除了有個人專長的研究之外，還鼓勵結合各個不同領域的研究人員，進行跨學術領域研究合作，如癌症醫學、基因體及蛋白質體、免疫研究、神經醫學、運動醫學、奈米與永續醫學、老年醫學、幹細胞、生醫藥學、熱帶醫學、環境醫學、兩性醫學等，並積極推動基礎與臨床研究團隊之整合，朝轉譯醫學研究邁進。
國內外學術交流
為激勵校內同仁進行研究，本校特別訂定各種研究計畫補助及獎勵辦法，並與中研院、國衛院、國立中山大學、美國哈佛大學、國家癌症研究所、北卡羅萊納大學、日本福岡縣保健環境研究所、奇美醫學中心、彰化基督教醫院等皆均有學術交流活動，致力推動學術研究。與中山大學之跨校合作，以研究群組方式延攬兩校研究學者加入，合作領域涵蓋天然物、生物科技、神經科學、抗癌機制、環境醫學與其他。透過雙方學術合作，衍生出百餘篇之論文，成果不容忽視。國外學術合作部分包括日本早稻田大學、美國哈佛大學、北卡羅萊納等大學、環境健康科學院藥理毒理實驗室、國家毒理學研究中心等。與早稻田大學在正式簽定更具體合作協議書，雙方同意互設研究室並推動雙方研究人員的交流與合作。初期將針對雙方共同興趣的主題：「奈米科技與醫療」、「運動科學與健康促進」兩主題作優先推動與投資。本校與阿肯色醫學大學簽訂姊妹校已達30多年，著重於訓練專業人才及交換計畫，及兩校雙聯學制、奈米技術、多發性骨髓癌及其他癌症之合作等，並形成與本校及美國國家毒理學研究中心的奈米醫學相關研究三角聯盟之合作。
推動產學合作及技術研發
為配合國家經濟發展，整合學術與產業界間資源，協助科學與醫學領域之研究，並推動產學合作及技術研發，本校於西元2008年8月1日設置產學推動中心，形成產學智財單一視窗，並於西元2013年3月將產學推動中心改編制為「產學營運處」，以作為本校永續經營發展之長期政策。產學營運處結合鄰近幾個重要產業園區及策略聯盟夥伴的資源，共同推動健康醫療產業的合作平臺，協助傳統產業及新創企業落實產品研發及技術升級，將生技醫療產業上中下游的研發、臨床試驗、技術移轉、商品化一脈整合，期望未來可以更強化學術研究與產業創新連結，轉譯學術能量為產業經濟效益，帶動區域產業之經濟繁榮。
環境醫學特色研發
本校於西元2007年獲得教育部「發展國際一流大學及頂尖研究中心計畫-環境醫學頂尖研究中心」重點領域補助，於2008.08.01成立「環境醫學頂尖研究中心」，為本校一級研究單位，以促進環境醫學相關跨領域之研究、強化教學成效與提升研究效能並進而建置校內外交流與合作平臺為宗旨。主要之任務為：
- 汲取國際研發運作經驗，建立跨校、跨國研究合作交流模式，以發展本校優異研究領域。
- 發揮整合型計劃之成效，培育國際級優秀醫學研究人才，並將研究成果與相關產業結合，創造經濟價值。
- 從事跨領域研究，提升論文質量、強化競爭力，並建立永續運作機制，使本校未來成為世界頂尖之環境醫學研究重鎮。
整合研究資源
為積極且有效運用校內貴重儀器，使校內研究資源確實發揮價值與效率，余前校長幸司於任內成立研究資源整合發展中心。本著「人盡其才、物進其用」的原則，戮力遵行劉校長創新研發、知識傳承與使命榮譽之治校理念，研究資源整合發展中心的任務為：
- 統整校內貴重儀器資源，統一管理與維護，以發揮儀器效能與滿足研究要求。
- 定期舉辦儀器訓練課程，以培育校內研究人才。
- 開發研究平台，厚植本校研究基礎。
- 與外校研究中心合作，引介優質研究方法與平台，提高本校研究能量。
- 培育與運接校院內外之研究人才。
最終目的是希望本校能有更優良的研究產出並使本中心成為國際級頂尖研究中心。目前正致力於發展代謝體研究平台、校際資源分享與技術支援，以提升高醫大之競爭力。
