－醫學系(七年制)、藥理學科碩士班、生物化學科碩士班、生理學科碩士班、基因體醫學科碩士班、神經學科碩士班
－學士後醫學系(五年制)
－運動醫學系
－呼吸治療學系及二年制在職專班
－腎臟照護學系(二年制在職專班)
－醫學研究所(碩士班及博士班，碩士班分基礎醫學及臨床醫學組)
－臨床醫學研究所(分癌症組、消化系統醫學組、臨床神經學組、環境職業醫學組)。
－轉譯醫學博士學位學程（與中央研究院共同辦理）
－環境職業醫學博士學位學程（與國家衛生研究院共同辦理）
榮譽與特色
‧分別於2006、2013通過醫學院評鑑委員會（TMAC）之改革目標及追蹤訪視評鑑
‧2009莊萬龍教授榮獲行政院傑出科技貢獻獎
‧2011何美泠教授榮獲第八屆國家新創獎、2013卓夙航教授榮獲第十屆國家新創獎
‧2014顏正賢院長、林口長庚整形外科醫師魏福全校友榮獲第六十七屆台灣醫療典範獎
‧跨領域、跨院校整合相關研究資源與技術，提升整合型計畫申請能量；培養院內具高研究能量人才，加入國科會之國際合作發展研究計畫。
‧建立基礎醫學與臨床醫學研究平台，建立轉譯醫學應用架構與機制，強化技術研發成果發展，發展相關技術移轉與產學合作契機。
‧積極推動醫學院與附設醫院教學、研究人才庫之建立與合作，落實人才之最佳應用，以有效提升整體成效。
‧推動醫學教育研究，擬定醫學教育中長程發展計劃，推動教材創新與品質提昇以落實醫學教育改革成效。
‧藉由跨院、校之合作，將課程橫向整合、縱向深化，與先進國家的醫學教育接軌，增加外國學生，強化醫學教育之國際交流。
‧培育具國際競爭力之健康專業人才、提升國際學術能見度及影響力、深化學生人文涵養，實現社會關懷及持續照顧弱勢族群，參與國際人道醫療與健康照護，達成全人教育目標。
醫學院以培育「專業素養、關懷鄉土、服務社會、宏觀視野」的醫學專業人才為教育目標。注重人文精神與醫學領域結合，養成具全人照護能力、知識涵養能力、行為溝通能力、合於體制的決策能力、醫療專業素養能力、終身學習能力之學生。現今全院約有2,100位學生，專任教師將達300名，醫學院視院務發展所需，設置「教學組」、「研發組」、「綜合組」，並於96學年度為積極推動研究陸續設立「熱帶醫學研究中心」、「敗血症研究中心」及「醫學教育研究中心」、「肝炎研究中心」、「糖尿病研究中心」。醫學院各教學與研究單位一方面配合醫學院中長期重點發展方向，在教師、學生、教材與研究四個方面，分別實現本土化與國際化，強化跨領域的產業合作機制。另一方面則在各自專業整合的基礎上，發展符合潮流的系所特色。
本學院每年持續增聘師資以維持教學品質，在教學上，課程整合與教學卓越接軌、發展創新教學、培養學生自學能力、推動醫學人文教育。在研究方面上，建構轉譯醫學研發平台、落實學術研究成果與臨床醫學應用結合、爭取執行國家整合型應用研究計畫、與國立中山大學成立跨校研究中心、提高臨床醫學與基礎醫學領域的論文與 SCI 論文總數。而服務學習上，以師生合作、團隊工作，並由校方支持與輔導的發展模式，進行服務學習與國際志願服務計劃，每年組服務團前往印度、史瓦濟蘭、馬拉威、索羅門等進行志願服務。在國際化上拓展國際學術交流、建立多元國際學生交換計畫、外籍教授協同教學如舉辦哈佛肝臟週「肝臟週-International Symposium for Liver Diseases」、與早稻田大學合作發展健康醫學科技。產學合作方面，教師參與產學合作計畫、加強學界與業界研發成果共享，成果豐碩。
| 層面 | 發 展 重 點 |
| 學生面 | 鼓勵學生跨領域學習 鼓勵學生參與國際志工服務 經由課程地圖與職涯地圖提升學生自我認識與就業率 擴大招收外籍學生 |
| 教師面 | 提升教學能力、專業發展 推動教師傳習制度 鼓勵教師創新教學方法與教材 |
| 課程面 | 以「成果導向教育」模式實行課程規劃與成效評估 醫學人文課程與臨床教學接軌 推動學分國際相互認證 推動學院課程整合與創新 |
| 資源面 | 實驗器材、教具之增購及汰舊換新 充實學生自我學習資源 |
| 組織面 | 強化醫學教育研究中心的運作與功能 設立國際認證標準臨床技能與OSCE教育訓練中心 |
為持續推動本校與國外大學的雙聯學制合作，積極與國際知名大學洽談跨國雙聯學位合作。不僅提供本校師生更多的國際資源與合作機會，更實質深化本校與國外大學的學術交流能量。已經執行的雙聯學制合作：醫學院及口腔醫學院與美國加州大學爾灣分校簽署博士班雙聯學制協議書；2012年11月醫學院及藥學院-瑞典Uppsala大學藥學院簽署博士班雙聯學制學程。
未來展望，本學院發展重點如下:
‧提昇教師研究能量與競爭力。
‧基礎醫學理論與臨床醫學應用的結合。
‧經由卓越教學五個層面提升學生A.S.K. (Attitude, Skill, Knowledge) 核心能力及就業率。
‧經由研究團隊整合，連貫基礎醫學、臨床資源，提昇學術潛能並擴展生醫產學合作。
‧國際研究團隊合作，邁向研究國際化。
‧儀器設備汰舊換新可提升教學與研究品質與效率
‧鼓勵教師到國內外大學參觀訪問與短期進修，增加國際學術研究提升國際名聲。
