1999年8月1日本校成立全國第一所藥學院，藥學院包含藥學系 (含碩士班、博士班、碩士在職專班及臨床藥學碩士班)、香粧品學系(含碩士班)、天然藥物研究所(碩士班及博士班)及毒理學博士學位學程，基礎堅實，聲譽卓著。

目標

藥學院三大教育目標為生命藥學導向、創新研發及服務與關懷。六大發展方向為1.賡續培育藥物科學、臨床藥學、香粧品科學、天然藥物、生物科技及毒理學之專業人才，2.拓展中草藥及天然藥物教學研究領域，結合科技以符合時代對中草藥發展之需求性及安全性，3.加強國際教學及學術合作，4.加強與基礎、臨床醫學及生命科學跨領域互動，以提升研究競爭力，5.推動產學合作計畫並促進製藥及香粧相關產業之升級，6.提供優質之藥學及美容健康照護，以達校務發展目標之教學卓越、研究創新、優質人文和社會關懷。

特色重點

一、審視社會需求規劃藥學課程，培養藥物科學、藥事照護、生技醫藥等相關專業科技人才
藥學系於1957年成立，多年來隨著社會需求調整藥師之功能及責任，規劃藥學課程、延攬優秀師資，以建構培育藥學及其相關領域專業人才。1982年成立藥學研究所碩士班，1988年成立博士班，持續推動進階藥學研究，並設置碩士在職專班及各種推廣教育，以培育在職人員，提升藥學業務產能。

二、培養一流天然藥物生物科技研發人才、追求學術成就與生技製藥產業領導地位
始自台灣第一位醫學博士已故杜聰明博士研發蛇毒、鴉片以及中草藥以來，天然藥物研究即為高醫的研發特色之一，為發展本土天然藥物專業研究，於1992年成立全國第一所天然藥物研究所碩士班，更於2001年成立博士班，培養台灣中草藥生物科技研發人才，以研發能量作為產業堅實後盾，努力不懈。

三、建構香粧品學正規教育
於2003年成立的香粧品學系為藥學院之第三成員，目標是培育全方位之香粧品專業人才，以利於學生在香粧品相關產、官、學、研界之服務及發展。2007年成立香粧品學系碩士班，目前正籌備設立台灣第一所關於香粧品科學之博士班。結合本校附設醫院臨床醫學美容，努力培育出高階香粧品專業科學人才。

四、培育高階臨床藥學專業人才，發展完善藥事照護體系
藥學院於2004年成立臨床藥學研究所，為配合當前藥學專業領域的擴展及藥學教育的變革，以及臨床藥學服務及藥師的角色與功能的多元化，於2013年8月將臨床藥學研究所整合於藥學系為臨床藥學碩士班，以提昇臨床藥學專業能力及培育臨床藥學教學及研究人才為主軸，因應醫藥環境之變遷及時代潮流之所需。

五、培育跨領域之毒理專業人才，推動臺灣毒理學家認證制度
2011年成立毒理學博士學位學程，全力發展毒理學研究，並參與推動臺灣毒理學家認證制度的建立，開設相關訓練課程，培育專業毒理學人才，以取得認證毒理學家資格；並透過國際合作、學術研究成果發表、期提供更有效的環境及藥物食品安全之預防、醫療照護，同時與產業合作，以解決國人毒理相關健康問題。

六、推動藥學教育改革，開創藥學新面貌
因應新世紀之藥學教育目標，引進國內外最新之檢討藥學學制、學程及學分的軟體，延攬及培育核心生技與臨床藥學師資以提升教學及研發功能，並建構國內外學術機構交流機制，以活化及收納新知。

七、薪傳高醫藥學，攀登更高頂峰
畢業生於社會各階層表現傑出，成就許多國內外藥學相關領域包括產、官、學、研之領導人，且在社會上都有非常高的評價，更不斷有新的成就榮耀母校。

成果與展望

一、 教學研究
規劃完善教學課程，並製訂系統融貫的課程地圖，運用本校及附設教學醫院的資源及藥局優良師資，導入問題導向學習(PBL; Problem-Based Learning)教學方法及客觀結構性臨床評估(OSCE; Objective Structured Clinical Examination)評核方法，發展以病人為導向之優良藥學教育訓練，並培育了解臨床醫藥問題關懷能力的優質藥師。

二、國際化
為增進師生專業能力之國際化，近年來更是積極推動及鼓勵參與各種國際交流活動以拓展視野，除了校級姐妹校的28個國際大學中，也有北卡羅萊納大學藥學院、俄亥俄州立大學和諾華東南大學三個美國姐妹校外，更與南加州大學、加州大學聖地牙哥分校、亞特蘭大棕櫚灘大學、匈牙利賽蓋德大學(University of Szeged)及瑞典烏普薩拉大學(University of Uppsala)等五校藥學院簽訂合作備忘錄和學術交流協定。於2012年促進推動本校與匈牙利賽蓋德大學(University of Szeged)及瑞典烏普薩拉大學完成博士班雙聯學制合作之簽署，提高本校國際能見度與知名度，提供師生更多國際資源與合作機會。