本校學術研究始於熱帶醫學、中草藥與蛇毒的研究，自創校以來，我們一直肩負著提供南台灣醫療服務與公共衛生防治的重責大任。身為南部的醫學重鎮，本校擁有紮實且經驗豐富的研究團隊，除了21個學系外，尚有4個獨立研究所及5個學位學程。研究上在從事個人專長研究之外，還鼓勵結合各個不同領域的研究人員，進行跨學術領域研究合作，並於2014年研究發展處成立研究總中心，涵蓋環境醫學研究中心、傳染病與癌症研究中心、天然藥物暨新藥開發研究中心、骨科學研究中心、脂質與葡萄糖研究中心、幹細胞研究中心、非線性分析及優化研究中心及生物標記暨生技藥物研究中心，發展特色研究，繼續為提升本校研究能量努力。

為激勵校內同仁進行研究，本校特別訂定各種研究計畫補助及獎勵辦法，諸如「教師專題研究計畫經費補助要點」、「新聘教師專案計畫補助要點」、「出國進修返校服務教師專題計畫補助辦法」、「新進研究人員計畫預審制度」、「專題研究計畫獎勵辦法」、「教師研究論文獎勵要點」、「教師參加國際會議實施要點」等，總計每年校方約投入5000餘萬元作為研究補助及獎勵經費。另外與中研院、國衛院、國立中山大學、美國哈佛大學、國家癌症研究所、北卡羅萊納大學、日本福岡縣保健環境研究所、奇美醫學中心、彰化基督教醫院等皆均有學術交流活動，致力推動學術研究。

在全校同仁的努力下，2013年本校獲國科會研究計畫補助251件，補助金額約2億9000餘萬。2013年獲其他機構（衛生署、經濟部、國衛院、教育部等）補助之研究計畫102件，補助金額約1億1,000餘萬；校內補助之研究計66件，補助金額3千300餘萬；發表於具審查制度之期刊論文共1100篇。

跨校跨機構部分，已與中山大學、屏東科技大學、中央研究院、國家衛生研究院、國家實驗研究院、彰化基督教醫院、台南奇美醫院及埔里基督教醫院合作。如與中山大學之合作，過去（2008-2013）跨校研究中心以研究群組方式延攬兩校研究學者加入，本年度以主持人合作模式由本校與中山大學合作計畫共提出46題研究計畫，領域涵蓋天然物、生物科技、神經科學、抗癌機制、環境醫學與其他，本校亦提供800萬元經費作為兩校合作之本校研究教授使用。透過雙方學術合作，衍生出百餘篇之論文，成果不容忽視。國外學術合作部分包括日本早稻田大學、美國哈佛大學、北卡羅萊納等大學、環境健康科學院藥理毒理實驗室、國家毒理學研究中心等。目前與早稻田大學研議簽訂更具體合作協議書，雙方同意互設研究室並推動雙方研究人員的交流與合作。初期將針對雙方共同興趣的主題：「奈米科技與醫療」、「運動科學與健康促進」兩主題作優先推動與投資。本校與阿肯色醫學大學簽訂姊妹校已達30多年，著重於訓練專業人才及交換計畫，及兩校雙聯學制、奈米技術、多發性骨髓癌及其他癌症之合作等，並形成與本校及美國國家毒理學研究中心的奈米醫學相關研究三角聯盟之合作。

本校參與之97年度系所評鑑及100年度校務評鑑及全數通過，是全國唯一取得此榮耀之醫學大學。

（一）系所評鑑：
本校於2008.12.8~16期間三梯次接受「大學系所評鑑」實地訪評，本校全數系所（27個系所44個班制）均獲得「通過」認可，此次大學校務評鑑全數通過，配合97年度大學系所評鑑全數通過成績，本校已屬教育部「大學評鑑辦法」第九條的定義之「績效卓著」大學，全台僅本校與逢甲大學達到此標準，這是本校自創校以來的最高殊榮。

（二）校務評鑑：
本校於2011年度辦理大學校務評鑑，在「學校自我定位」、「校務治理與經營」、「教學與學習資源」、「績效與社會責任」、「持續改善與品質保證機制」等五個評鑑項目獲得全數「通過」認可。是全國唯一取得此榮耀之醫學大學。本校原訂於103年度下半年接受財團法人高等教育評鑑中心基金會受教育部委託辦理之通識教育暨第二週期系所評鑑，惟教育部自101年度起推動大學自我評鑑，本校因曾獲教育部獎勵大學校院教學卓越計畫、發展國際一流大學及頂尖研究中心計畫補助，被列為優先試辦對象，得改以申辦自我評鑑。