高醫醫療體系於2014年10月起受委託經營高雄市立旗津醫院，是高醫醫療體系為市民提供優質服務的另一里程碑，期待再創一個市立醫院的新典範。

高雄市政府衛生局自2013年4月18日起經過數月的招標籌辦作業，在2013年12月13日正式公告「高雄市立旗津醫院整擴建營運移轉(ROT)案」由高醫取得最優申請人。經過9個多月的籌備期及試營運階段，於2014年10月1日辦理高雄市立旗津醫院營運開幕暨『馬雅各之家』揭牌典禮，由陳菊市長、衛生局何啟功局長、本校董事會陳田植董事長、本校大劉景寬校長及第一任院長郭昭宏等共同主持。

西元1866年馬雅各醫師(Dr. James Laidlaw Maxwell)在高雄旗後成立臺灣第一所西醫醫院–「打狗醫館」，為臺灣第一位正式行醫的西方醫師。馬雅各醫師成立打狗醫館至今已近150年，高雄市政府基於旗津為「台灣建立西醫院之始，亦是台灣西式醫學教育的起源」，期待高醫醫療體系承接馬雅各醫師之職志，肩負起大旗津地區居民健康重任。
本院除提供門診、急診及住院服務外，另有全新的復健、血液透析、牙科及手術室等設施，以提供旗津居民更完整之醫療服務，此外更引進旗津地區第一台的電腦斷層掃描儀，有利於疾病之診斷。

旗津醫院為旗津區唯一的醫院機構，肩負旗津區近3萬居民的醫療重任，旗津醫院深切體認旗津區市民的醫療需求與殷切期許，提出「提供旗津鄉親優質醫療，營造無縫照護健康社區」，作為設立宗旨，並以「深耕在地醫療，成為守護旗津鄉親世代健康醫院」為未來願景。秉持1.以病人為中心、病人安全為主軸2.深耕社區落實健康促進，整合既有資源3. 開發醫療特色，強化市場區隔並提升醫療品質；同時以「加強社區服務」及「優化醫療照護功能」做為經營策略方針。旗津醫院的經營將與體系內之附設中和紀念醫院、市立小港醫院和市立大同醫院進行垂直整合的醫療照護，並加強與衛生所及當地診所之聯繫，提供優質的醫療品質。

旗津醫院在全人照護醫療體系的核心理念上，強調以個人為中心、家庭為單位、社區為範疇之週全性、協調性及持續性醫療保健照護。旗津醫院也將朝著成為「健康促進醫院」（Health Promoting Hospital）的方向努力，結合最新之資通訊技術，提供社區各種新穎之健康促進服務，整合社區資源，鼓勵社區民眾參與，共同負擔社區健康促進的責任，建置旗津區健康促進照護雲，主動維護和增進社區民眾健康及疾病預防，營造無縫照護之健康島。

旗津醫院未來也會致力於旗津地區居民健康之世代追蹤研究。旗津地區也類似美國之Framingham具備三大優點1.地理位置稍與高雄市區隔，而自成一區域；2.人口穩定，遷入與遷出率皆低；3.在地除了有旗津醫院外，無其他大型醫院，因此其不管輕重症疾病之病歷資料皆容易取得。期能建立以醫院為基礎，甚至以社區為基礎，家庭為單位之世代追蹤研究，而未來累積的成果將不只對旗津社區民眾具有幫助，也會對全台灣甚至全世界民眾之健康福祉有實質之貢獻。

因此，旗津醫院會以旗津鄰里「好厝邊」的醫療服務理念，使旗津區的民眾有在地就醫的便利，也獲得醫學中心專業團隊的醫療照護品質。期望能以醫學中心優良的醫療技術和團隊品質，致力於旗津地區一般醫學、家庭醫學、預防醫學、急性醫療及社區醫療。未來更將發展中長期慢性病照護，及長期照護機構，建置完善的全人照護網。