- 藥學系學士班、碩士班、碩士在職專班、臨床藥學碩士班、博士班。
- 香粧品學系學士班、碩士班。
- 天然藥物研究所碩士班、博士班。
- 毒理學博士學位學程。
特色與榮譽
- 推動國際化，目前已與匈牙利Szeged大學和瑞典Uppsala大學建立博士班雙聯學制，並已有第一位天然藥物研究所研究生從高醫暨Szeged大學順利畢業，取得雙博士學位。
- 藥學系採“4＋2”之專業分流特色，“4”為4年的藥學系學士班，學生畢業參加藥師國考即可取得藥師資格；“2”則為選擇臨床藥學、工業藥學、社會藥學碩士班的藥學專業分流。
- 2009年起，藥學系連續多年獲得教育部「學海築夢」與教學卓越計畫補助，讓學生至美國南加州大學、美國伊利諾大學與美國阿肯色醫學科學大學(UAMS)等出國交流研習，同時取得暑期海外實習學分，並與瑞典Uppsala師生交流頻繁，拓展學生國際視野並增進教師跨國學術合作。
- 藥學系第一屆李國雄校友，美國北卡大學Kenan醫藥化學講座教授暨天然藥物實驗室主任，榮任中央研究院院士。
- 藥學系林俊清教授指導的學生研發團隊獲「2013國家新創獎」學生組第三名。
- 香粧品學系自2013年起實施課程模組，入學生畢業前需修讀「研發製造」及「行銷管理」其中一模組，使可畢業。
- 香粧品學系近年學生自行組團參加苗栗縣政府舉辦之創作競賽，兩組分別獲得金獎、創意獎，以及銅獎，其中一組另參加「第八屆戰國策全國大專校園創業競賽」，獲得創業組佳作。
- 香粧品學系自2011年暑期開始辦理學生海外實習。
- 香粧品學系王惠民副教授榮獲2014年科技部吳大猷先生紀念獎。
藥學院成立於1999年8月1日，為國內第一所藥學院。藥學院的各單位中，藥學系最早成立(1957年)，之後陸續成立藥學研究所碩士班(1982年)、博士班(1988年)、碩士在職專班(1999年)、天然藥物研究所碩士班(1992年)、博士班(2001年)、香粧品學系(2003年)、臨床藥學研究所碩士班(2004年)、香粧品學系碩士班(2007年)、毒理學博士學位學程(2011年)。2007年起依學校規定整合變更，藥學系及香粧品學系均採系所合一，2013年臨床藥學研究所整併於藥學系，成為藥學系「臨床藥學碩士班」。藥學系系所合一後，提供“4＋2”之專業分流，“4”為4年的藥學系學士班，“2” 則為選擇臨床藥學、工業藥學、社會藥學碩士班的藥學專業分流，既滿足學生多元選擇，又強化學習的環境，培育傑出的藥學專業人才。香粧品學系則善用本校醫學大學的背景，開創醫學美容專業人才的培育環境。毒理學博士學位學程2011年成立後，即積極推動毒理學家認證制度，以因應國內環境及食品等毒物事件頻傳之問題。
研究方面，天然物的研究為本院天然藥物研究所的專長，並在國內居頂尖領導地位，其餘各系碩博士班以建構卓越的中草藥探索、醫藥合成、分析生技、藥物劑型及開發新藥為目標，以實質推展應用性產品及技術，嘉惠社會大眾。此外，本院亦積極推動國際化，目前已與匈牙利Szeged大學和瑞典Uppsala大學建立博士班雙聯學制，並已有第一位學生從高醫暨Szeged大學順利畢業，取得雙博士學位。另外與美國阿肯色醫學科學大學(UAMS)、伊利諾(芝加哥)大學(UIC)和南加大(USC)建立暑期學生海外實習課程，建立雙邊的實質交流活動。
五十多年來，藥學院各系所從蓽路藍縷到師資、設備、教學研究均已有一定的規模與水準，作育英才無數，畢業生在社會各階層也皆能貢獻所學、服務人羣，社會風評甚佳。本院秉承「樂學至上，研究第一」的創校精神以及「堅忍自強，勵學濟世」的優良傳統，在既有的專業基礎上融新匯舊，以培育具獨立思考與主動學習能力，兼具豐富專業知識、研究能量及人文素養的藥學及香粧品科學和專業人才，對人類提供優質之藥事及美容健康照護。而在藥學院之發展策略上，以現有藥學院之架構，強化院內教學、研究及服務之能量，因應國際藥學教育之發展趨勢，並配合教育部教學卓越計畫之執行，以建構具有競爭力的藥學專業特色學院。
